Журнал «Труды по прикладной ботаники, генетике и селекции» основан в 1908 году. Основатель журнала Роберт Эдуардович Регель. Первоначальное название «Труды Бюро по прикладной ботанике» (1908-1917) = Bulletin des Bureau für angewandte Botanik (1908), Bulletin of applied botany (1914). Выходил ежемесячно, 12 номеров в год. «Труды по прикладной ботанике» по праву занимали главенствующее место среди российских периодических изданий, стали центральным органом по прикладной ботанике и селекции в России. Переименованы в «Труды по прикладной ботанике и селекции» = «Bulletin of applied botany and plant-breeding» (1918-1927); «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции» = Bulletin of applied botany, of genetics and plant-breeding (1927-1931). После реорганизации журнала, «Труды» разделились и выходили по сериям (1932-1937): общая серия и 13 специальных серий. Издано 84 приложения к «Трудам» (1908-1937, 1969). В период с 1938 по 1947 гг. печатание «Трудов» временно приостановлено. В 1948 году возобновляется издание работ под названием «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции» = «Bulletin of applied botany, genetics and plant breeding» по томам и выпускам, как выходило это издание до 1932 года (1948-1983). С тома 76 (1983) «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции» издаются под собственным названием каждый том. Издание выпусков прекращается. Журнал переименован в «Сборник научных трудов по прикладной ботанике, генетике и селекции» = «Bulletin of applied botany, genetics and plant breeding» (1984-1993). С 1994 по 1996 гг. издание «Трудов» временно приостановлено. С тома 150 (1997) журнал выходит под старым названием «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции», с продолжающейся последовательной нумерацией томов: «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции» = Bulletin of applied botany, genetics and plant breeding (1997-2011). С тома 169 (2012) у журнала меняется название на английском языке «Proceedings on applied botany, genetics and breeding», выходит ежеквартально, 4 выпуска в год.