НИЗКОЗАТРАТНЫЙ МЕТОД ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ДУБЛЕТОВ КОЛЛЕКЦИИ В ГЕННЫХ БАНКАХ
https://doi.org/10.30901/2227-8834-2016-4-18-27
Аннотация
185 пар образцов скандинавского происхождения, хранящиеся в коллекциях ВИР и Нордического генного банка, выращенные в поле Пушкинских лабораторий ВИР, изучены по морфологическим признакам согласно методическим указаниям ВИР. У большинства пар изученных образцов различий не выявлено (63%). Таким образом, из каждых шести пар образцов в четырех по всем изученным признакам никаких различий не обнаружено, и, по всей видимости, они предположительно являются дублетами. В 13% пар образцов наблюдались значительные различия, а у 24% образцов имелись незначительные различия, для чего требует их более углубленное изучение. При помощи полевого скрининга образцов возможно выявление вероятных дублетов коллекций.
Ключевые слова
ячмень,
коллекция,
генбанк,
дублеты,
скрининг,
морфологические признаки,
barely,
Hordeum vulgare,
gene-bank management,
morphology,
screening
Об авторах
Ф. . Индгаард
Нордический Центр по генетическим ресурсам (NordGen)
Швеция
Швеция
И. Г. Лоскутов
Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова; Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ)
Россия
Россия
С. О. Солберг
Нордический Центр по генетическим ресурсам (NordGen); AVRDC - The World Vegetable Center
Швеция
Швеция
О. Н. Ковалева
Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова
Россия
Россия
А. . Колодинска-Брантестам
Латвийский университет, Институт биологии; Нордический Центр по генетическим ресурсам (NordGen)
Латвия
Латвия
Я. Т. Свенссон
Нордический Центр по генетическим ресурсам (NordGen)
Швеция
Швеция
Список литературы
1. Diederichsen A. Duplication assessments in Nordic Avena sativa accessions at the Canadian national genebank // Genetic Resources and Crop Evolution, 2009, vol. 56, pp. 587-597
2. Dittbrenner A., Hensen I., Wesche K. Genetic structure and random amplified polymorphic DNA diversity of the rapidly declining Angelica palustris (Apiaceae) in Eastern Germany in relation to population size and seed production. // Plant Species Biology. 2005 vol. 20, p.191-200
3. ECPGR. A Strategic Framework for the Implementation of a European Genebank Integrated System (AEGIS). 2008, Rome, ECPGR and Bioversity International
4. Ellstrand N. C., Elam D. R Population genetic consequences of small population size: Implications for plant conservation // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics.1993, vol. 24, pp. 217-242
5. Engels J. M. M., Maggioni L. AEGIS: a regionally based approach to PGR conservation. // In: Maxted N, Dulloo ME, Ford-Lloyd BV, Frese L, Iriondo J.M. and Pinheiro de Carvalho M.A.A. (eds.), Agrobiodiversity Conservation: Securing the Diversity of Crop Wild Relatives and Landraces. 2012, Wallingford: CAB International, pp. 321-326
6. FAO. Genebank Standards for Plant Genetic Resources for Food and Agriculture. 2014, Rome: Food and Agriculture Organization of the United Nations
7. FAO. The Second Report on the State of the World’s Plant Genetic Resources for Food and Agriculture. 2010, Rome: Food and Agriculture Organization of the United Nations
8. FAO. The state of the world’s plant genetic resources for food and agriculture. 1998, Rome: Food and Agriculture Organization of the United Nations
9. Germeier C. U., Frese L. and Bucken S. Concepts and data models for treatment of duplicate groups and sharing of responsibilities in genetic resources information systems // Genetic Resources and Crop Evolution, 2003, vol. 50, pp. 693-705
10. Gomez O. J., Blair M. W., Frankow-Lindberg B. E., Gullberg U. Comparative study of common bean (Phaseolus vulgaris L.) landraces conserved ex situ in genebanks and in situ by farmers // Genetic Resources and Crop Evolution, 2005, vol. 52, pp. 371-380
11. Hensen I., Oberpieler C. Effects of population size on genetic diversity and seed production in the rare Dictamnus albus (Rutaceae) in central Germany // Conservation Genetics, 2005, vol. 6, pp. 63-73
12. Leino M. W., Bostrom E., Hagenblad J.) Twentieth-century changes in the genetic composition of Swedish field pea metapopulations // Heredity, 2013, vol. 110, pp. 338-346
13. Лоскутов И. Г.,Ковалева О. Н., Блинова Е. В. Методические указания по изучению и сохранению мировой коллекции ячменя и овса. - СПб.: ВИР, 2012. - 63 с
14. Loskutov I.G. Vavilov and his institute. A history of the world collection of plant genetic resources in Russia. IPGRI. Rome. Italy, 1999, 190 p
15. Lund B., Ortiz R., Skovgaard I. M., Waugh R., Andersen S. B. Analysis of potential duplicates in barley gene bank collections using resampling of microsatellite data // Theor Appl Genet., 2003, vol. 106, pp. 1129-1138
16. Negri V., Tiranti B. Effectiveness of in situ and ex situ conservation of crop diversity. What a Phaseolus vulgaris L. landrace case study can tell us. // Genetica 2010, 138: 985-998
17. Ouborg N. J., Vergeer P., Mix C. The rough edges of the conservation genetics paradigm for plants // Journal of Ecology, 2006, vol. 94, pp. 1233-1248
18. Перчук И. Н., Конарев А. В., Лоскутов И. Г., Блинова Е. В., Новикова Л. Ю., Хорева В. И., Колодинска-Брантестам А. Белковые маркеры, морфологические и селекционные признаки в идентификации дублетных образцов культурного овса в коллекциях ВИР (Россия) и Нордического генного банка (NordGen, Швеция) // Тр. по прикл. бот., ген. и сел. 2016. Т. 177. № 3. С. 82-93
19. Plucknett D. L., Smith N. J. H., Williams J. T., Anishetty N. M. Gene banks and the world’s food. Princeton, New Jersey. 1987 Princeton University Press
20. R Core Team R: A language and environment for statistical computing. Vienna. 2014. R Foundation for Statistical Computing. Available at http://www.R-project.org/
21. Solberg S. O., Yndgaard F., Palme A. Morphological and phenological consequences of ex situ conservation of natural populations of red clover (Trifolium pratense L.). // Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization (online); 2015, 1-12, Available at doi:10.1017/S1479262115000416
22. van Hintum T. J. L., Boukema I. W. Genetic resources of leafy vegetables. In: Lebeda A and Kristkova E (eds). EUCARPIA Leafy Vegetables ’99, Proceedings of the EUCARPIA Meeting on Leafy Vegetables Genetics and Breeding. 1999, Olomouc (Czech Republic): Palacky University, pp. 59-72
23. van Hintum T. J. L., Knupffer H. Duplication within and between germplasm collections I. Identifying duplication on the basis of passport data. // Genet Resources and Crop Evolution, 1995, vol. 42, pp. 127-133
24. van Hintum T. J. L., Visser D. L. Duplication within and between germplasm collections II. Duplication in four European barley collections. // Genetic Resources and Crop Evolution, 1995, vol. 42, pp. 135-145
25. van Treuren R., Bijlsma R., van Delden W., Ouborg N.J. The significance of genetic erosion in the process of extinction. I. Genetic differentiation in Salvia pratensis and Scabiosa columbaria in relation to population size // Heredity, 1991, vol. 66, pp. 181-189
26. van Treuren R., Engels J. M. M., Hoekstra R., van Hintum T. J. L. Optimization of the composition of crop collections for ex situ conservation. // Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization, 2009, vol. 7, p. 185-193
27. Vertucci C. W., Roos E. E. Theoretical basis of protocoles for seed storage. Plant Physiology. 1990, vol. 94, pp. 1019-1023
28. Vetelainen M. “To age with AEGIS” A report from the ECPGR/AEGIS workshop - Establishment of the European Forage Collection. 2012. Rome: ECPGR. Available at http://www.ecpgr.cgiar.org/ fileadmin/bioversity/ publications/pdfs/ 1655_AEGIS_ Forage_ WS_ Hungary_ 070612.pdf
29. Walters C. Principles for preserving germplasm in genebanks. In: Guerrant E, Havens K, Maunder M (eds) Ex situ plant conservation: supporting species survival in the wild. 2004, Covelo, California: Island Press, pp. 442-453
Рецензия
Для цитирования:
Индгаард Ф..., Лоскутов И.Г., Солберг С.О., Ковалева О.Н., Колодинска-Брантестам А..., Свенссон Я.Т. НИЗКОЗАТРАТНЫЙ МЕТОД ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ДУБЛЕТОВ КОЛЛЕКЦИИ В ГЕННЫХ БАНКАХ. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 2016;177(4):18-27. https://doi.org/10.30901/2227-8834-2016-4-18-27
For citation:
Yndgaard F..., Loskutov I.G., Solberg S.O., Kovaleva O.N., Kolodinska-Brantestam A..., Svensson J.T. A LOW-COST METHOD FOR THE DETECTION OF DUPLICATE HOLDINGS AMONG GENEBANK ACCESSIONS. Proceedings on applied botany, genetics and breeding. 2016;177(4):18-27. (In Russ.) https://doi.org/10.30901/2227-8834-2016-4-18-27
Просмотров: 439
Послать статью по эл. почте 