690922, г. Владивосток, о. Русский, п. Аякс, 10
10 Ajax Bay, Russky Island, Vladivostok 690922
Факультет естественных наук
565 ул. Куанг Чунг, г. Тханьхоа 40130
565 Quang Trung Street, Thanh Hoa 40130; Faculty of Natural Sciences
Факультет естественных наук и технологий
г. Шонла 34114
Quyet Tam Dist., Son La 34114; Faculty of Natural Sciences and Technology
Актуальность. Термин «DNA barcode» широко используется в молекулярной таксономии. По существу, этот метод основан на использовании последовательности ДНК (около 400–800 пн) в качестве стандарта для быстрой и точной идентификации и определения видовых отношений организмов. Таким образом, ДНК-штрихкоды помогают систематикам не только классифицировать и идентифицировать виды, но и контролировать, понимать и использовать биоразнообразие. В настоящем исследовании авторы провели идентификацию образцов Anoectochilus setaceus Blume, собранных в провинции Тханьхоа, на основе анализа последовательностей ITS.
Материалы и методы. Тотальную ДНК выделяли из молодых листьев образцов A. setaceus с использованием бромида цетилтриметиламмония (CTAB-метод). Сегмент гена ITS амплифицировали методом ПЦР и секвенировали. Эту генетическую последовательность анализировали, сравнивали и использовали для построения «филогенетичеческого древа» с помощью программ BioEdit, BLAST, DNASTAR.
Результаты и выводы. Нами выделены 4 последовательности генной области ITS из 4 образцов A. setaceus, собранных в Сюань Лиен и Пу Луонг провинции Тханьхоа; изученный ITS-регион имел длину 667 нуклеотидов. Полученные данные идентифицировали образцы как один и тот же вид и показали 99-процентное сходство с последовательностью ITS A. roxburghii (Wall.) Lindl., опубликованной в базе данных GenBank (GQ328774). Исследование также демонстрирует, что использование внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) является эффективным методом для идентификации образцов A. setaceus.
Background. The term “DNA barcode” is used extensively in molecular taxonomy. Basically, this technique is based on the use of a DNA sequence (about 400–800 bp) as a standard to identify and determine the species relation of organisms quickly and accurately. Therefore, DNA barcodes not only help taxonomists in classifying and identifying species, but also improve their ability to control, understand and utilize biodiversity. In this study, the authors conducted identification of samples of Anoectochilus setaceus Blume collected in Thanh Hoa through the isolated sequence of ITS gene regions.
Materials and methods. Total DNA was extracted from young leaves of A. setaceus samples using CTAB method. The ITS gene segment was amplified by PCR and sequenced. This genetic sequence was analyzed, compared and used to establish a phylogenetic tree using BioEdit, BLAST and DNASTAR programs.
Results and conclusion. We isolated 4 sequences of the ITS gene region in 4 A. setaceus samples collected at Xuan Lien and Pu Luong of Thanh Hoa province; the ITS gene region was 667 nucleotide long. The findings identified the samples as the same species and showed 99% similarity to the ITS gene sequence of A. roxburghii (Wall.) Lindl. published in GenBank, GQ328774. This study also demonstrates that the method employing internal transcribed spacer (ITS) sequences is an effective tool to identify A. setaceus taxa.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.