vir-nwТруды по прикладной ботанике, генетике и селекцииProceedings on applied botany, genetics and breeding2227-88342619-0982N.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources10.30901/2227-8834-2025-4-168-181vir-nw-2493Research ArticleИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ КУЛЬТУРНЫХ РАСТЕНИЙ И ИХ ДИКИХ РОДИЧЕЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПРИКЛАДНЫХ ПРОБЛЕМIDENTIFICATION OF THE DIVERSITY OF CULTIVATED PLANTS AND THEIR WILD RELATIVES FOR SOLVING FUNDAMENTAL AND APPLIED PROBLEMSIn silico-анализ геномов представителей семейства Rosaceae Juss. c целью создания ISAP-маркеровIn silico analysis of the genomes within the Rosaceae Juss. family to develop ISAP markershttps://orcid.org/0000-0001-8103-2191КамневА. М.KamnevA. M.

Антон Михайлович Камнев, младший научный сотрудник, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Б. Морская, 42, 44

Anton M. Kamnev, Associate Researcher, VIR

42, 44 Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg 190000, Russia

antonkamen@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0006-0178-0805ЛапкасовМ. Е.LapkasovM. E.

Михаил Евгеньевич Лапкасов, младший научный сотрудник, ВИР

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Б. Морская, 42, 44

Mikhail E. Lapkasov, Associate Researcher, VIR

42, 44 Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg 190000, Russia

m.lapkasov@vir.nw.ruhttps://orcid.org/0009-0006-6722-0907ТюкаловаА. А.TyukalovaA. A.

Алина Артуровна Тюкалова, магистрант, Научно-технологический университет «Сириус», Научный центр генетики и наук о жизни

354340 Россия, Краснодарский край, федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, Олимпийский пр., 1

Alina A. Tyukalova, MSc Student, Sirius University of Science and Technology, Research Center of Genetics and Life Sciences

1 Olimpiysky Ave., Sirius Settlem., Sirius Federal Territory, Krasnodar Territory 354340, Russia

distantsiya2020@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0000-2982-0115ЖидяеваС. В.ZhidiyaevaS. V.,

Серафима Валерьевна Жидяева, младший научный сотрудник, Научно-технологический университет «Сириус», Научный центр генетики и наук о жизни

354340 Россия, Краснодарский край, федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, Олимпийский пр., 1

Serafima V. Zhidiyaeva, Associate Researcher, Sirius University of Science and Technology, Research Center of Genetics and Life Sciences

1 Olimpiysky Ave., Sirius Settlem., Sirius Federal Territory, Krasnodar Territory 354340, Russia

zhidyaeva.sv@talantiuspeh.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8334-8069АнтоноваО. Ю.AntonovaO. Yu.

Ольга Юрьевна Антонова, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник,  ВИР; научный сотрудник, Научно-технологический университет «Сириус», Научный центр генетики и наук о жизни

190000 Россия, Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, 42, 44; 354340 Россия, Краснодарский край, федеральная территория «Сириус», пгт. Сириус, Олимпийский пр., 1

Olga Yu. Antonova, Cand. Sci. (Biology), Leading Researcher, VIR; Researcher, Sirius University of Science and Technology, Research Center of Genetics and Life Sciences

42, 44 Bolshaya Morskaya Street, St. Petersburg 190000, Russia; 1 Olimpiysky Ave., Sirius Settlem., Sirius Federal Territory, Krasnodar Territory 354340, Russia

olgaant326@mail.ruФедеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. ВавиловаРоссияN.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic ResourcesRussian FederationНаучно-технологический университет «Сириус»РоссияSirius University of Science and TechnologyRussian FederationФедеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова; Научно-технологический университет «Сириус»РоссияN.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources; Sirius University of Science and TechnologyRussian Federation2025271220251864168181Copyright © Камнев А.М., Лапкасов М.Е., Тюкалова А.А., Жидяева С.В., Антонова О.Ю., 20252025Камнев А.М., Лапкасов М.Е., Тюкалова А.А., Жидяева С.В., Антонова О.Ю.Kamnev A.M., Lapkasov M.E., Tyukalova A.A., Zhidiyaeva S.V., Antonova O.Y.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://elpub.vir.nw.ru/jour/article/view/2493Актуальность

Актуальность. Семейство Розовые (Rosaceae Juss.) – таксон, к которому относится ряд экономически ценных культур. Исследования генетического разнообразия как сортов и селекционных форм культурных растений этого семейства, так и их диких родичей имеют важное значение для привлечения нового материала в генетические коллекции и в селекцию. Хорошим инструментом для их быстрого и информативного анализа могут служить маркеры, основанные на полиморфизме ретротранспозонов, в том числе ISAP-маркеры, детектирующие различия в расположении SINE-транспозонов. Поскольку SINE-элементы обладают высокой гетерогенностью, ISAP-маркеры, разработанные для одного вида, могут оказаться непригодны для работы с другими видами.

Материалы и методы

Материалы и методы. Проведен анализ геномов представителей пяти видов родов Fragaria L., Rosa L. и Rubus L. Для выравнивания SINE-последовательностей и их кластеризации с целью последующего дизайна праймеров разработана оригинальная биоинформатическая программа. Апробация праймеров, созданных для малины и розы, была выполнена на ограниченных выборках (28 и 21 образец соответственно).

Результаты

Результаты. В гаплоидных геномах представителей родов Fragaria, Rosa и Rubus выявлено от 857 до 3477 SINE-элементов, при этом во всех геномах они были распределены на хромосомах неравномерно. Применение биоинформатических методов для анализа выявленных SINE-последовательностей позволило для каждой культуры разработать специфичные праймеры. Сформированная система ISAP-маркеров показала высокую степень генерируемого полиморфизма (PIC > 0,90). Праймеры, подобранные для рода Rosa, оказались способными генерировать ПЦР-продукты и у представителей других культур семейства Rosaceae, включая вишню, грушу и землянику, однако наблюдаемый полиморфизм был существенно ниже.

Заключение

Заключение. Полученная система ISAP-маркеров способна генерировать большое количество полиморфных фрагментов. Это позволяет применять ее для генотипирования и изучения генетического разнообразия как сортов, так и дикорастущих популяций.

Background

Background. The rose family (Rosaceae Juss.) is an economically important taxon that includes a number of cultivated species. Studying the genetic diversity of crop wild relatives within this family is important to include new genetic material into genetic collections and utilize it in breeding practice. Markers based on retrotransposon polymorphism, including ISAP markers that detect differences in the location of SINE transposons, can be a useful tool for rapid and informative analysis of natural Rosaceae populations. Since SINE elements are highly heterogeneous, ISAP markers developed for one species may be unsuitable for the others.

Materials and methods

Materials and methods. Genomes representing five species of the genera Rubus L., Rosa L. and Fragaria L. were analyzed in silico. An original bioinformatics program was developed to align and cluster the SINE sequences. The primers designed for raspberry and rose were tested on limited subsets (28 and 21 accessions, respectively).

Results

Results. From 857 to 3477 SINEs were identified in the haploid genomes of the studied genera; an uneven distribution of elements across chromosomes was observed in all genomes. Bioinformatics methods applied to analyze the obtained SINE sequences made it possible to develop specific primers for each crop. The designed ISAP marker system revealed a high degree of generated polymorphism in the samples (PIC > 0.90). The primers developed for the genus Rosa were also capable of generating PCR products in other crops from the Rosaceae family, including cherry, pear, and strawberry, although the observed polymorphism was significantly lower.

Conclusion

Conclusion. The developed ISAP marker system can generate large amounts of polymorphic fragments. Therefore, it may be used for genotyping and molecular certification of cultivars as well as for studying the genetic diversity of wild populations.

ретротранспозоныSINEISAP-маркерыRosaceaeбиоинформатический анализretrotransposonsSINEISAP markersRosaceaebioinformatics analysisРезультаты получены при финансовой поддержке исследования, реализуемого в рамках государственной программы федеральной территории «Сириус» «Научно-технологическое развитие федеральной территории “Сириус”» (соглашение № 18-03 от 10.09.2024). Авторы благодарят рецензентов за их вклад в экспертную оценку этой работы.The results were obtained with financial support from the state program for the Sirius Federal Territory “Scientific and technological development of the Sirius Federal Territory” (Agreement No. 18-03 dated Sept. 10, 2024). The authors thank the reviewers for their contribution to the peer review of this work.ReferencesAntonius-Klemola K., Kalendar R., Schulman A.H. TRIM retrotransposons occur in apple and are polymorphic between varieties but not sports. Theoretical and Applied Genetics. 2006;112(6):999-1008. DOI: 10.1007/s00122-005-0203-0Antonius-Klemola K., Kalendar R., Schulman A.H. TRIM retrotransposons occur in apple and are polymorphic between varieties but not sports. Theoretical and Applied Genetics. 2006;112(6):999-1008. DOI: 10.1007/s00122-005-0203-0Aristya G.R., Kasiamdari R.S., Setyoningrum R., Larasati B. Genetic variations of strawberry cultivars of Fragaria × ananassa and Fragaria vesca based on RAPD. Biodiversitas. 2019;20(3):770-775. DOI: 10.13057/biodiv/d200322Aristya G.R., Kasiamdari R.S., Setyoningrum R., Larasati B. Genetic variations of strawberry cultivars of Fragaria × ananassa and Fragaria vesca based on RAPD. Biodiversitas. 2019;20(3):770-775. DOI: 10.13057/biodiv/d200322Badakhshan H., Kamangar M.S., Mozafari A.A. Characterization of strawberry (Fragaria × ananassa Duch.) cultivars using SCoT, ISSR and IRAP markers. Crop Breeding Journal. 2018;8(2):61-72. DOI: 10.22092/CBJ.2018.123510.1028Badakhshan H., Kamangar M.S., Mozafari A.A. Characterization of strawberry (Fragaria × ananassa Duch.) cultivars using SCoT, ISSR and IRAP markers. Crop Breeding Journal. 2018;8(2):61-72. DOI: 10.22092/CBJ.2018.123510.1028Borodulina O.R., Kramerov D.A. PCR-based approach to SINE isolation: Simple and complex SINEs. Gene. 2005;349:197-205. DOI: 10.1016/j.gene.2004.12.035Borodulina O.R., Kramerov D.A. PCR-based approach to SINE isolation: Simple and complex SINEs. Gene. 2005;349:197-205. DOI: 10.1016/j.gene.2004.12.035Brozynska M., Furtado A., Henry R.J. Genomics of crop wild relatives: expanding the gene pool for crop improvement. Plant Biotechnology Journal. 2016;14(4):1070-1085. DOI: 10.1111/pbi.12454Brozynska M., Furtado A., Henry R.J. Genomics of crop wild relatives: expanding the gene pool for crop improvement. Plant Biotechnology Journal. 2016;14(4):1070-1085. DOI: 10.1111/pbi.12454Clustal Omega. Multiple Sequence Alignment (MSA): [website]. Available from: https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo [accessed Oct. 01, 2025].Clustal Omega. Multiple Sequence Alignment (MSA): [website]. Available from: https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo [accessed Oct. 01, 2025].Dossett M., Bassil N.V., Lewers K.S., Finn C.E. Genetic diversity in wild and cultivated black raspberry (Rubus occidentalis L.) evaluated by simple sequence repeat markers. Genetic Resources and Crop Evolution. 2012;59(8):1849-1865. DOI: 10.1007/s10722-012-9808-8Dossett M., Bassil N.V., Lewers K.S., Finn C.E. Genetic diversity in wild and cultivated black raspberry (Rubus occidentalis L.) evaluated by simple sequence repeat markers. Genetic Resources and Crop Evolution. 2012;59(8):1849-1865. DOI: 10.1007/s10722-012-9808-8Folta K.M., Gardiner S.E. (eds). Genetics and genomics of Rosaceae. New York, NY: Springer; 2009. DOI: 10.1007/978-0-387-77491-6Folta K.M., Gardiner S.E. (eds). Genetics and genomics of Rosaceae. New York, NY: Springer; 2009. DOI: 10.1007/978-0-387-77491-6GDR. Genome Database of Rosaceae: [website]. Available from: https://www.rosaceae.org [accessed Oct. 01, 2025].GDR. Genome Database of Rosaceae: [website]. Available from: https://www.rosaceae.org [accessed Oct. 01, 2025].Girichev G., Hanke M.V., Peil A., Flachowsky H. SSR fingerprinting of a German Rubus collection and pedigree based evaluation on trueness-to-type. Genetic Resources and Crop Evolution. 2015;64(1):89-103. DOI: 10.1007/s10722-015-0345-0Girichev G., Hanke M.V., Peil A., Flachowsky H. SSR fingerprinting of a German Rubus collection and pedigree based evaluation on trueness-to-type. Genetic Resources and Crop Evolution. 2015;64(1):89-103. DOI: 10.1007/s10722-015-0345-0Hadonou A.M., Sargent D.J., Wilson F., James C.M., Simpson D.W. Development of microsatellite markers in Fragaria, their use in genetic diversity analysis, and their potential for genetic linkage mapping. Genome. 2004;47(3):429-438. DOI: 10.1139/g03-142Hadonou A.M., Sargent D.J., Wilson F., James C.M., Simpson D.W. Development of microsatellite markers in Fragaria, their use in genetic diversity analysis, and their potential for genetic linkage mapping. Genome. 2004;47(3):429-438. DOI: 10.1139/g03-142Han C., Yang G., Zhang H., Peng H., Yang J., Zhu P. et al. Development and validation of genome-wide SSR molecular markers of Tapes dorsatus. Molecular Biology Reports. 2024;51(1):73. DOI: 10.1007/s11033-023-08949-6Han C., Yang G., Zhang H., Peng H., Yang J., Zhu P. et al. Development and validation of genome-wide SSR molecular markers of Tapes dorsatus. Molecular Biology Reports. 2024;51(1):73. DOI: 10.1007/s11033-023-08949-6Hoban S., Bruford M., D’Urban Jackson J.D., Lopes-Fernandes M., Heuertz M., Hohenlohe P.A. et al. Genetic diversity targets and indicators in the CBD post-2020 Global Biodiversity Framework must be improved. Biological Conservation. 2020;248:108654. DOI: 10.1016/j.biocon.2020.108654Hoban S., Bruford M., D’Urban Jackson J.D., Lopes-Fernandes M., Heuertz M., Hohenlohe P.A. et al. Genetic diversity targets and indicators in the CBD post-2020 Global Biodiversity Framework must be improved. Biological Conservation. 2020;248:108654. DOI: 10.1016/j.biocon.2020.108654Integrated DNA Technologies. OligoAnalyzer™: Primer analysis tool: [website]. Available from: https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer [accessed Oct. 01, 2025].Integrated DNA Technologies. OligoAnalyzer™: Primer analysis tool: [website]. Available from: https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer [accessed Oct. 01, 2025].IPCN Chromosome Reports. Index to Plant Chromosome Numbers (IPCN): [website]. Available from: https://legacy.tropicos.org/Project/IPCN [accessed Oct. 01, 2025].IPCN Chromosome Reports. Index to Plant Chromosome Numbers (IPCN): [website]. Available from: https://legacy.tropicos.org/Project/IPCN [accessed Oct. 01, 2025].Kalendar R.N., Aizharkyn K.S., Khapilina O.N., Amenov A.A., Tagimanova D.S. Plant diversity and transcriptional variability assessed by retrotransposon-based molecular markers. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2017;21(1):128-134. DOI: 10.18699/VJ17.231Kalendar R.N., Aizharkyn K.S., Khapilina O.N., Amenov A.A., Tagimanova D.S. Plant diversity and transcriptional variability assessed by retrotransposon-based molecular markers. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2017;21(1):128-134. DOI: 10.18699/VJ17.231Календарь Р.Н., Глазко В.И. Типы молекулярно-генетических маркеров и их применение. Физиология растений и генетика. 2002;34(4):141-156.Kalendar R.N., Glazko V.I. Types of molecular genetic markers and their application. Plant Physiology and Genetics. 2002;34(4):141-156. [in Russian]Камнев А.М., Антонова О.Ю., Дунаева С.Е., Гавриленко Т.А., Чухина И.Г. Молекулярные маркеры в исследованиях генетического разнообразия представителей рода Rubus L. и перспективы их применения в селекции. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2020;24(1):20-30. DOI: 10.18699/VJ20.591Kamnev А.М., Antonova O.Yu., Dunaeva S.Е., Gavrilenko T.A, Chukhina I.G. Molecular markers in the genetic diversity studies of representatives of the genus Rubus L. and prospects of their application in breeding. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2020;24(1):20-30. [in Russian]. DOI: 10.18699/VJ20.591Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. Bioinformatics. 1994;10(2):189-191. DOI: 10.1093/bioinformatics/10.2.189Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. Bioinformatics. 1994;10(2):189-191. DOI: 10.1093/bioinformatics/10.2.189Li Y., Jiang N., Sun Y. AnnoSINE: a short interspersed nuclear elements annotation tool for plant genomes. Plant Physiology. 2022;188(2):955-970. DOI: 10.1093/plphys/kiab524Li Y., Jiang N., Sun Y. AnnoSINE: a short interspersed nuclear elements annotation tool for plant genomes. Plant Physiology. 2022;188(2):955-970. DOI: 10.1093/plphys/kiab524Liang Y., Lenz R.R., Dai W. Development of retrotransposon-based molecular markers and their application in genetic mapping in chokecherry (Prunus virginiana L.). Molecular Breeding. 2016;36(8):109. DOI: 10.1007/s11032-016-0535-2Liang Y., Lenz R.R., Dai W. Development of retrotransposon-based molecular markers and their application in genetic mapping in chokecherry (Prunus virginiana L.). Molecular Breeding. 2016;36(8):109. DOI: 10.1007/s11032-016-0535-2Матвеева Т.В., Павлова О.А., Богомаз Д.И., Демкович Л.А., Лутова А.Е. Молекулярные маркеры для видоидентификации и филогенетики растений. Экологическая генетика. 2011;9(1):32-43.Matveeva T.V., Pavlova O.A., Bogomaz D.I., Lutova L.A., Demkovich A.E. Molecular markers for plant species identification and phylogenetics. Ecological Genetics. 2011;9(1):32-43. [in Russian]Melnikova N.V., Kudryavtseva A.V., Speranskaya A.S., Krinitsina A.A., Dmitriev A.A., Belenikin M.S. et al. The FaRE1 LTR-retrotransposon based SSAP markers reveal genetic polymorphism of strawberry (Fragaria × ananassa) cultivars. Journal of Agricultural Science. 2012;4(11):111. DOI: 10.5539/jas.v4n11p111Melnikova N.V., Kudryavtseva A.V., Speranskaya A.S., Krinitsina A.A., Dmitriev A.A., Belenikin M.S. et al. The FaRE1 LTR-retrotransposon based SSAP markers reveal genetic polymorphism of strawberry (Fragaria × ananassa) cultivars. Journal of Agricultural Science. 2012;4(11):111. DOI: 10.5539/jas.v4n11p111Мельникова Н.В., Сперанская А.С., Дарий М.В., Беленикин М.С., Дмитриев А.А., Кудрявцева А.В. Использование молекулярных маркеров, основанных на ретротранспозонах, для изучения генетического разнообразия растений. Вестник Российского государственного аграрного заочного университета. 2013;14(19):32-35.Melnikova N.V., Speranskaya A.S., Darii M.V., Belenikin M.S., Dmitriev A.A., Kudryavtseva A.V. Retrotransposon-based molecular markers and their use for genetic diversity assessment in plants. Bulletin of the Russian State Agrarian Correspondence University. 2013;14(19):32-35. [in Russian]Межнина О.А., Урбанович О.Ю. Идентификация сортов земляники садовой (Fragaria ananassa) с использованием SSR-маркеров. Молекулярная и прикладная генетика. 2016;20:37-45.Mezhnina O.A., Urbanovich O.Yu. Identification of strawberry (Fragaria ananassa) using SSR-markers. Molecular and Applied Genetics. 2016;20:37-45. [in Russian]NCBI. National Center for Biotechnology Information: [website]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov [accessed Oct. 01, 2025].NCBI. National Center for Biotechnology Information: [website]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov [accessed Oct. 01, 2025].Nei M. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1973;70(12):3321-3323. DOI: 10.1073/pnas.70.12.3321Nei M. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1973;70(12):3321-3323. DOI: 10.1073/pnas.70.12.3321Омашева М.Е., Аубакирова К.П., Рябушкина Н.А. Молекулярные маркеры. Причины и последствия ошибок генотипирования. Биотехнология. Теория и практика. 2013;(4):20-28. DOI: 10.11134/btp.4.2013.3Omasheva M.E., Aubakirova K.P., Ryabushkina N.A. Molecular markers. Causes and consequences of genotyping errors (Molekulyarnye markery. Prichiny i posledstviya oshibok genotipirovaniya). Biotechnology. Theory and Practice. 2013;(4):20-28. [in Russian]. DOI: 10.11134/btp.4.2013.3Reiche B., Kögler A., Morgenstern K., Brückner M., Weber B., Heitkam T. et al. Application of retrotransposon-based Inter-SINE Amplified Polymorphism (ISAP) markers for the differentiation of common poplar genotypes. Canadian Journal of Forest Research. 2021;51(11):1650-1663. DOI: 10.1139/cjfr-2020-0209Reiche B., Kögler A., Morgenstern K., Brückner M., Weber B., Heitkam T. et al. Application of retrotransposon-based Inter-SINE Amplified Polymorphism (ISAP) markers for the differentiation of common poplar genotypes. Canadian Journal of Forest Research. 2021;51(11):1650-1663. DOI: 10.1139/cjfr-2020-0209Schwichtenberg K., Wenke T., Zakrzewski F., Seibt K.M., Minoche M., Dohm J. et al. Diversification, evolution and methylation of short interspersed nuclear element families in sugar beet and related Amaranthaceae species. The Plant Journal. 2015;85(2):229-244. DOI: 10.1111/tpj.13103Schwichtenberg K., Wenke T., Zakrzewski F., Seibt K.M., Minoche M., Dohm J. et al. Diversification, evolution and methylation of short interspersed nuclear element families in sugar beet and related Amaranthaceae species. The Plant Journal. 2015;85(2):229-244. DOI: 10.1111/tpj.13103Seibt K.M., Wenke T., Wollrab C., Junghans H., Muders K., Dehmer K.J. et al. Development and application of SINE-based markers for genotyping of potato varieties. Theoretical and Applied Genetics. 2012;125(1):185-196. DOI: 10.1007/s00122-012-1825-7Seibt K.M., Wenke T., Wollrab C., Junghans H., Muders K., Dehmer K.J. et al. Development and application of SINE-based markers for genotyping of potato varieties. Theoretical and Applied Genetics. 2012;125(1):185-196. DOI: 10.1007/s00122-012-1825-7Sonneveld T., Tobutt K.R., Robbins T.P. Allele-specific PCR detection of sweet cherry self-incompatibility (S) alleles S1 to S16 using consensus and allele-specific primers. Theoretical and Applied Genetics. 2003;107(6):1059-1070. DOI: 10.1007/s00122-003-1274-4Sonneveld T., Tobutt K.R., Robbins T.P. Allele-specific PCR detection of sweet cherry self-incompatibility (S) alleles S1 to S16 using consensus and allele-specific primers. Theoretical and Applied Genetics. 2003;107(6):1059-1070. DOI: 10.1007/s00122-003-1274-4Sormin S.Y.M., Purwantoro A., Setiawan A.B., Teo C.H. Application of inter-SINE amplified polymorphism (ISAP) markers for genotyping of Cucumis melo accessions and its transferability in Coleus spp. Biodiversitas. 2021;22(5):2918-2929. DOI: 10.13057/biodiv/d220557 DOI:10.13057/biodiv/d220557Sormin S.Y.M., Purwantoro A., Setiawan A.B., Teo C.H. Application of inter-SINE amplified polymorphism (ISAP) markers for genotyping of Cucumis melo accessions and its transferability in Coleus spp. Biodiversitas. 2021;22(5):2918-2929. DOI: 10.13057/biodiv/d220557 DOI:10.13057/biodiv/d220557Sun J., Hao Y., Li L., Song Y., Fan L., Zhang S. et al. Evaluation of new IRAP markers of pear and their potential application in differentiating bud sports and other Rosaceae species. Tree Genetics and Genomes. 2015;11(2):25. DOI: 10.1007/s11295-015-0849-ySun J., Hao Y., Li L., Song Y., Fan L., Zhang S. et al. Evaluation of new IRAP markers of pear and their potential application in differentiating bud sports and other Rosaceae species. Tree Genetics and Genomes. 2015;11(2):25. DOI: 10.1007/s11295-015-0849-yUGENE team; Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012;28(8):1166-1167. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091UGENE team; Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012;28(8):1166-1167. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091Untergasser A., Cutcutache I., Koressaar T., Ye J., Faircloth B.C., Remm M. et al. Primer3 – new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research. 2012;40(15):e115. DOI: 10.1093/nar/gks596Untergasser A., Cutcutache I., Koressaar T., Ye J., Faircloth B.C., Remm M. et al. Primer3 – new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research. 2012;40(15):e115. DOI: 10.1093/nar/gks596Ветчинникова Л.В., Титов А.Ф., Топчиева Л.В., Рендаков Н.Л. Оценка генетического разнообразия популяций карельской березы в Карелии с помощью микросателлитных маркеров. Экологическая генетика. 2012;10(1):34-37.Vetchinnikova L.V., Titov A.F., Topchieva L.V., Rendakov N.L. Estimation of genetic diversity of Karelian birch populations in Karelia using microsatellite markers. Ecological Genetics. 2012;10(1):34-37. [in Russian]Wenke T., Döbel T., Sörensen T.R., Junghans H., Weisshaar B., Schmidt T. Targeted identification of short interspersed nuclear element families shows their widespread existence and extreme heterogeneity in plant genomes. The Plant Cell. 2011;23(9):3117-3128. DOI: 10.1105/tpc.111.088682Wenke T., Döbel T., Sörensen T.R., Junghans H., Weisshaar B., Schmidt T. Targeted identification of short interspersed nuclear element families shows their widespread existence and extreme heterogeneity in plant genomes. The Plant Cell. 2011;23(9):3117-3128. DOI: 10.1105/tpc.111.088682

The authors declare that there are no conflicts of interest present.